(１) 報告徴収、立入検査
法律の施行に必要な限度において、都道府県知事等は、排出事業者、処理業者（無許可業者を含む）、処理施設の設置者、情報処理センターに対し、廃棄物の処理、施設の構造・維持管理について、必要な報告を求めることができます。
また、排出事業者、処理業者の事業場、処理施設のある土地や建物に立ち入り、廃棄物の処理、施設の構造基準・維持管理に関する帳簿や書類、その他の物件を検査することができます。
報告拒否や虚偽報告、立入検査の拒否、妨害、忌避を行った場合は、罰則が適用されます。
(２) 改善命令
排出事業者、処理業者が処理基準に適合しない廃棄物の処理を行った場合、都道府県知事等は、廃棄物の適正処理を確保するため処理方法の変更、その他必要な措置を講じるよう命ずることができます。
改善命令の対象は、処理基準が適用される者に限られます。また、排出事業者については、処理基準の他に、保管基準に適合しない保管も改善命令の対象となります。
改善命令は期限が定められており、期限内に措置を講じない場合には、罰則が適用されます。
(３) 措置命令
不法投棄など、処理基準に適合しない廃棄物の処理が行われた場合で、生活環境の保全上支障が生じ、または生じるおそれがある場合に、都道府県知事等はその支障の除去、発生の防止のために必要な措置を講じることを命じることができます。
措置命令の対象は、基本的には処理基準に適合しない廃棄物の処分を行った者、不法投棄の場合は不法投棄の実施者が対象となります。しかし、排出事業者責任の観点から、マニフェストを交付していない排出事業者、注意義務（産業廃棄物の発生から最終処分に至るまでの一連の処理の工程における処理が適正に行われるために必要な措置を講ずること）を怠った排出事業者は、措置命令の対象となる場合があります。具体的には、不適正処理の実施者が、不法投棄の原状回復などの支障の除去を行うために必要な資力がない場合で、排出事業者が適正な処理料金を負担していなかった場合など、排出事業者責任、排出事業者の注意義務に照らして、排出事業者に措置命令をとらせることが適当であると判断できるような場合があげられます。
委託した産業廃棄物が不適正処理された場合に、措置命令により、排出事業者がその責任を問われることもあります。
したがって、排出事業者は、信頼できる処理業者に産業廃棄物の処理を委託するとともに、委託基準やマニフェストに係る義務を遵守することにより、不適正処理の未然防止に努める必要があります。